สถาบันฯ ได้รับมอบหมายจากรัฐบาลให้ดำเนินโครงการแก้ไขปัญหาความเดือดร้อนด้านที่อยู่อาศัยและที่ดินทำกินโดยชุมชนเป็นแกนหลักในพื้นที่ ๕ จังหวัดชายแดนภาคใต้  ได้แก่ จังหวัดสงขลา  สตูล  ปัตตานี   ยะลา  และนราธิวาส มาตั้งแต่ปี ๒๕๕๓ ต่อเนื่องถึงปี ๒๕๕๕

•  การสนับสนุนการแก้ปัญหาที่อยู่อาศัย  ได้มีการอนุมัติโครงการก่อสร้าง/ซ่อมแซมและต่อเติมที่อยู่อาศัย (สะสมตั้งแต่ปี ๒๕๕๓)จำนวนทั้งสิ้น ๔๖,๗๕๓ หลังคาเรือนในพื้นที่ ๑,๓๘๔ หมู่บ้าน ๒๘๖ ตำบล (เฉลี่ยหมู่ล้านละ ๓๓ หลัง ตำบลละ ๑๖๓ หลัง)  เฉพาะปี ๒๕๕๕  เกิดการพัฒนาและแก้ไขปัญหาที่อยู่อาศัยในพื้นที่ ๒๓ ตำบล  ๑๓๑ หมู่บ้าน ๔,๓๔๙  ครัวเรือน  รวมงบประมาณที่อนุมัติ(สะสม)สำหรับการซ่อมสร้างที่อยู่อาศัย ๑,๘๖๒ ล้านบาท
• กองทุนที่อยู่อาศัย    เพื่อให้มีเงินหมุนเวียนช่วยเหลือครัวเรือนที่เดือดร้อนและเป็นกองทุนของชุมชนต่อไป  ผู้ได้รับการช่วยเหลือจะคืนทุนในรูปแบบของเงิน/แรงงานสมทบกองทุนที่อยู่อาศัยหรือกองทุนสวัสดิการของชุมชน   ตามกำลังความสามารถและกติกาที่ชุมชนกำหนด   การดำเนินงานที่ผ่านมามีตำบลที่คืนเงินเข้าสู่กองทุนที่อยู่อาศัย จำนวน ๑๘๗ ตำบล  เงินคืนเข้ากองทุน จำนวน ๓๕.๘๔ ล้านบาท  ก่อให้เกิดการสร้าง/ซ่อมแซมและต่อเติมบ้านจากเงินกองทุนพัฒนาที่อยู่อาศัยระดับตำบลจากการคืนทุนเพิ่มขึ้น จำนวน  ๔๐๐ หลัง    นอกจากนี้ได้เกิดการเชื่อมโยงกับงานพัฒนาด้านต่าง ๆ ในชุมชน เช่น สวัสดิการชุมชน  สภาองค์กรชุมชน  ฯลฯ
• การแก้ปัญหาที่ดินมีการอนุมัติให้ดำเนินการแล้ว (สะสม) ๔๓ พื้นที่  ๒๗๕ ชุมชน มีครัวเรือนผู้เดือดร้อนรวมทั้งสิ้น ๓๔,๕๘๕ ครัวเรือน งบประมาณดำเนินการที่อนุมัติ ๒๒ ล้านบาท