การเริ่มต้นปรึกษาหารือเรื่องสภาองค์กรชุมชนชัดเจนขึ้นตั้งแต่ช่วงที่วิทยาลัยการจัดการทางสังคม ซึ่งอาจารย์ไพบูลย์ฯมีส่วนสำคัญในการก่อตั้งได้มีการจัดการความรู้จากชุมชนท้องถิ่นที่มีฐานการพัฒนาโดยใช้เวทีปรึกษาหารือแลกเปลี่ยนร่วมกันคิด ร่วมกันหาแนวทางแก้ไขปัญหาด้านต่าง ๆ นำไปสู่การสร้างเป้าหมายร่วมกันของพัฒนาชุมชนท้องถิ่น ที่ปรากฎชัดเจนว่าการทำงานในแนวทางดังกล่าว ได้ช่วยให้เกิดการจัดการตนเองร่วมกันของชุมชนท้องถิ่น โดยที่ทุกฝ่ายมีส่วนร่วม เกิดความสัมพันธ์อันดีภายในชุมชนท้องถิ่นบางแห่งได้มีการร่วมกันสรรหาผู้ที่จะทำหน้าที่เป็นผู้นำที่เป็นทางการ เช่น นายก อบต.โดยไม่ต้องเกิดการแข่งขันจนก่อให้เกิดความขัดแย้งหรือแตกแยก เช่น ตำบลควนรู อ.รัตภูมิ จ.สงขลา
ซึ่งถือเป็นระบบประชาธิปไตยจากฐานราก จนนำไปสู่การจัดเวทีสรุปบทเรียน"ประชาธิปไตยชุมชน..การเมืองสมานฉันท์" ในช่วงเดือนมกราคม-มีนาคม ๒๕๔๙ ในระดับภาค ต่อด้วยการจัดเวทีสังคมสนทนา “การเมืองสมานฉันท์ สร้างสรรค์ชุมชนท้องถิ่น” ที่จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย และได้มีการจัดเวทีระดมความคิดเห็นในระดับภูมิภาคทั้ง ๘ ภาค เพื่อพัฒนาข้อเสนอของภาคประชาชนต่อการปฏิรูปสังคม และการเมือง โดยสาระหลักเป็นการปรับเปลี่ยนกลไกการบริหารโดยกระจายอำนาจไปยังองค์กรท้องถิ่น ให้มีอิสระในการจัดการตนเอง พร้อมกับพัฒนาคนให้มีคุณภาพมีคุณธรรมจริยธรรม เพื่อนำพาชุมชนและท้องถิ่นไปสู่การพึ่งตนเองได้อย่างแท้จริง
จนกระทั่งในช่วงเดือนพฤศจิกายน ๒๕๕๐ ผู้แทนองค์กรชุมชนทั่วประเทศจำนวน ๒๐๐ คน ได้ประสานอาจารย์ไพบูลย์ ฯเพื่อเข้าพบ และนำเสนอแนวคิดเกี่ยวกับสภาองค์กรชุมชนต่อ นายกรัฐมนตรี (พลเอกสุรยุทธ์ จุลลานนท์) ณ ทำเนียบรัฐบาล และได้มีการยกร่างหลักคิดและเนื้อหาสาระ พ.ร.บ.สภาองค์กรชุมชนท้องถิ่น ครั้งที่ ๑ จากหนังสือ “ต้นทางชุมชน ชุมชนประชาธิปไตย” และหนังสือ “องค์กรชุมชนกับการปฏิรูปสังคมและการเมือง” จัดพิมพ์โดย วิทยาลัยการจัดทางสังคม นำไปสู่การกระจายการจัดเวทีในพื้นที่ต่างๆและเกิดเครือข่ายขับเคลื่อนเรื่องนี้และต่อมาได้จัดตั้งเป็นสมัชชาองค์กรชุมชนแห่งประเทศไทย หรือ สอท. มีการปรับยกร่างพ.ร.บ.สภาองค์กรชุมชนท้องถิ่น เสนอต่อกระทรวงการพัฒนาสังคมและความมั่นคงของมนุษย์ในช่วงที่ อ.ไพบูลย์ เป็นรัฐมนตรี มีการปรับปรุงร่างพ.ร.บ.ร่วมกันระหว่าง สอท.กับนักฎหมายกระทรวง พม.จนได้เป็นร่าง พ.ร.บ. ที่นำเสนอต่อสาธารณะครั้งแรกเมื่อวันที่ ๗ มีนาคม ๒๕๕๐ และได้เสนอร่างพ.ร.บ.ไปที่สำนักเลขาธิการนายกรัฐมนตรีเพื่อสอบถามความเห็นหน่วยงานที่เกี่ยวข้องก่อนเสนอคณะรัฐมนตรีพิจารณา และในช่วงต่อมา สอท.ได้เสนอร่างพ.ร.บ.ต่อที่ประชุมคณะอนุกรรมาธิการความมั่นคงของมนุษย์อีกช่องทางหนึ่ง (ครูชบ ยอดแก้ว เป็นประธาน และครูมุกดา อินต๊ะสาร รองประธาน)
ในช่วงปลายเดือนเมษายน ๒๕๕๐ ได้มีการจัดงานเปิดภาพงานขับเคลื่อนขบวนสภาองค์กรชุมชนท้องถิ่น โดยมีผู้เข้าร่วมจากเครือข่ายองค์กรชุมชนทั่วประเทศกว่า ๑,๘๐๐ คน โดยรองนายกรัฐมนตรี และรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการพัฒนาสังคม (นายไพบูลย์ วัฒนศิริธรรม) และรัฐมนตรีช่วย นพ.พลเดช ปิ่นประทีป มาร่วมเวทีด้วย หลังจากนั้นประเด็นข้อโต้แย้งเกี่ยวกับร่าง พ.ร.บ.สภาองค์กรชุมชน มีมากขึ้นทั้งในส่วนของกระทรวงมหาดไทย สมาคมอบต. กำนันผู้ใหญ่บ้าน แต่ก็ยังสามารถนำร่างพ.ร.บ.ที่ปรับปรุงแล้วเข้าสู่การพิจารณาของคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ ๕ มิ.ย.๕๐ ครม.ได้มีมติให้ส่งร่างพ.ร.บ.พร้อมความเห็นหน่วยงานที่เกี่ยวข้องให้คณะกรรมการกฤษฎีกาพิจารณาปรับ ซึ่งเป็นช่วงที่สื่อต่างๆเสนอข่าวความขัดแย้งในเรื่องนี้อย่างต่อเนื่อง โดยที่อาจารย์ไพบูลย์ ได้หาทางอธิบายสร้างความเข้าใจเจตนารมณ์ของร่าง พ.ร.บ.สภาองค์กรชุมชน ต่อทุกฝ่ายที่เกี่ยวข้องอย่างต่อเนื่อง และยืนหยัดในหลักการอย่างแน่วแน่ ช่วงที่คณะกรรมาธิการกิจการเด็กฯ สภานิติบัญญัติ ได้ไปดูงานเรื่องสวัสดิการชุมชน และสภาองค์กรชุมชนที่ตำบลหนองสาหร่าย อ.พนมทวน จ.กาญจนบุรี อาจารย์ไพบูลย์ วัฒนศิริธรรม ก็ได้ไปร่วมงานด้วย
ความมุ่งมั่นตั้งใจของอาจารย์ไพบูลย์ ที่จะให้ร่างพ.ร.บ.สภาองค์กรชุมชนผ่านเป็นกฎหมาย แม้จะไม่สามารถใช้ช่องทางคณะรัฐมนตรีได้ แต่ก็ทำให้ภาคประชาสังคม ภาควิชาการที่เห็นความสำคัญของเรื่องนี้และเชื่อมั่นศรัทธาในตัวอาจารย์ได้ร่วมลงชื่อสนับสนุนร่างพ.ร.บ.ที่ไปผ่านช่องทางสภานิติบัญญัติเป็นจำนวนมาก จนกระทั่งร่างพ.ร.บ.สภาองค์กรชุมชน ได้นำสู่การพิจารณาของสภานิติบัญญัติ อาจารย์ไพบูลย์ ก็ได้ให้สัมภาษณ์ และเข้าร่วมการจัดงานที่เกี่ยวข้องกับร่างพ.ร.บ.อย่างต่อเนื่อง จนกระทั่งพ.ร.บ.สภาองค์กรชุมชน พ.ศ.๒๕๕๑ ได้ประกาศประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม ๑๒๕ ตอนที่ ๓๑ก มีผลบังคับใช้วันที่ ๙ กุมภาพันธ์ ๒๕๕๑ อาจารย์ไพบูลย์ให้ความสำคัญกับการขับเคลื่อนงานตามพ.ร.บ.สภาองค์กรชุมชนอย่างต่อเนื่อง เช่น การไปร่วมงานมหกรรมการเปิดสภาองค์กรชุมชนครั้งแรกที่ ต.ศรีสว่าง อ.โพนทราย จ.ร้อยเอ็ด ในเดือนพฤษภาคม ๒๕๕๑ หลังจากรับฟังการประชุมสภาองค์กรชุมชนแล้วได้ให้ความเห็นว่า
“ประการแรก ใช้วาจาสุภาพ ประการที่สองมีความคิดข้อเสนอแนะที่สร้างสรรค์ ไม่ใช่เพื่อประโยชน์ตนเอง แต่เพื่อประโยชน์ส่วนรวม การทำงานของสภาฯ ที่ในทางปฏิบัติได้เริ่มทำสะสมมาเป็นเวลาหลายปี ในรูปแบบต่าง ๆ ที่ไม่เป็นทางการ แต่วันนี้ผมถือว่าเราได้เห็นความฝันปรากฏเป็นความจริง เมื่อสิ่งที่พวกเราจำนวนมากใฝ่ฝันอยากให้เกิดขึ้น คือการรวมตัวกันขององค์กรภาคประชาชน ในรูปสภาฯ ได้เพียรพยายามเสนอแนะยกร่างเป็น พรบ. เพื่อจะได้มีฐาน มีกรอบทางกฎหมาย ให้สถานภาพ ให้ศักดิ์ศรี ให้เกียรติยศ ให้การยอมรับที่เป็นทางการ ผ่านอุปสรรคนานาประการ แต่ด้วยความมุ่งมั่น ด้วยความที่มีของจริง ด้วยความที่มีความจริงใจและบริสุทธิ์ใจของหลายฝ่าย โดยเฉพาะกลุ่มสมาชิกสภานิติบัญญัติแห่งชาติ ที่มีตั้งใจมั่น และเพียรพยายามของครูมุกดา อินต๊ะสาร คุณวัลลภ ตังคณานุรักษ์ และท่านอื่น ๆ ได้ร่วมกันผลักดันให้ ร่างพรบ.สภาฯ ผ่านเป็นกฎหมายได้สำเร็จ และภายหลังได้รับการสนับสนุนจากสมาชิกที่สำคัญ ได้แก่ ท่าน อ.บวรศักดิ์ อุวรรณโณ และท่านอื่น ๆ และที่สำคัญมาก ๆ ก็คือการสนับสนุนจากท่านประธานสภานิติบัญญัติ คือ คุณมีชัย ฤชุพันธ์ ก็ทำให้ พรบ.สภาฯ ผ่านพ้นเป็นกฎหมายได้สำเร็จ แต่ความสำเร็จของ พรบ.สภาฯ ไม่ได้อยู่ที่การออกเป็นกฎหมาย นั่นแค่เป็นบันไดขั้นต้นที่เปิดโอกาส เปิดพื้นที่ เปิดช่องทางให้ภาคประชาชนได้แสดงบทบาทที่ควรจะทำ และทำอย่างสร้างสรรค์และเป็นประโยชน์ “
“โดยสรุปแล้วผมมีความประทับใจมากที่ได้เห็นการประชุมสภาองค์กรชุมชนแห่งแรกได้พิสูจน์ให้ผมเห็นกับตาเลยว่า ที่หลายฝ่ายเป็นห่วงว่าอาจจะเกิดความขัดแย้ง แตกแยก อันเนื่องมาจากสภาฯ นั้น เป็นไปได้ครับ ถ้าคนที่เกี่ยวข้องคิดถึงประโยชน์ตัวเอง คิดถึงประโยชน์พรรคพวก คิดถึงอำนาจ จะนำไปสู่ความแตกแยก เหมือนอย่างที่การเมืองระดับชาติที่กำลังเกิดขึ้น เพราะมุ่งมั่นในเรื่องอำนาจ เรื่องประโยชน์ของตน และพวกพ้อง แต่ถ้าเผื่อฝ่ายที่เกี่ยวข้องเอาประโยชน์สุขที่สร้างสรรค์ของประชาชนเป็นเป้าหมาย เป็นตัวตั้ง เป็นเป้าหมายใหญ่ ถ้าเอาประโยชน์สุขสร้างสรรค์ ของประชาชนเป็นเป้าหมายใหญ่ ทุกฝ่ายจะหาทางทำอย่างไรให้เกิดประโยชน์สุขสร้างสรรค์ของประชาชน เช่นนี้ไม่มีอะไรขัดแย้ง ไม่มีอะไรทำให้แตกแยก เพราะถ้าขัดแย้ง หรือแตกแยก ย่อมนำไปสู่การไม่บรรลุผลที่ไม่พึงปรารถนา”
หลังจากช่วงที่อาจารย์ไพบูลย์ พ้นจากตำแหน่งรองนายกรัฐมนตรีแล้ว ได้รับเป็นประธานคณะอนุกรรมการสนับสนุนการพัฒนาสภาองค์กรชุมชน สถาบันพัฒนาองค์กรชุมชน ซึ่งเป็นคณะอนุกรรมการที่ช่วยวางทิศทางการสนับสนุนการพัฒนา ประสานความร่วมมือหน่วยงานภาคีที่เกี่ยวข้องในการสนับสนุนงานสภาองค์กรชุมชน โดยมีคณะอนุกรรมการจากผู้ทรงคุณวุฒิ ผู้แทนหน่วยงาน และผู้แทนสภาองค์กรชุมชน ๕ ภาคเป็นคณะอนุกรรมการ ซึ่งในการประชุมแต่ละครั้งได้เน้นให้มีการนำเสนอกรณีตัวอย่างรูปธรรมสภาองค์กรชุมชนจากพื้นที่ภาคต่างๆ ได้นำตัวอย่างการขับเคลื่อนสภาองค์กรชุมชนในมิติต่างๆ ทั้งเป็นสภาที่มีบทบาทในการขับเคลื่อนงานพัฒนาชุมชนท้องถิ่นโดยใช้สภา และการตั้งเป้าหมายตัวชี้วัดการพัฒนาในการขับเคลื่อน สภาที่ใช้สถานะของสภาในการปกป้องทรัพยากรสิ่งแวดล้อมของชุมชนให้หน่วยงานยุติดำเนินโครงการที่ส่งผลกระทบต่อชุมชน สภาที่เป็นตัวอย่างการผนึกพลังร่วมระหว่างชุมชน ท้องที่ ท้องถิ่นในการขับเคลื่อนงานพัฒนา ฯลฯ รวมทั้งการลงเยี่ยมพื้นที่สภาองค์กรชุมชนตำบล การไปหนุนช่วยให้สภาองค์กรชุมชนในภาคตะวันตกใช้เรื่องการตั้งเป้าหมายตัวชี้วัดเป็นเครื่องมือในการพัฒนาชุมชนท้องถิ่น อาจารย์ไพบูลย์ได้มาร่วมงานประชุมระดับชาติของสภาองค์กรชุมชนตำบลอย่างต่อเนื่อง และได้ให้ข้อคิด ข้อเสนอแนะเกี่ยวกับการพัฒนาชุมชนท้องถิ่น ตลอดจนการปฏิรูปประเทศไทยจากฐานชุมชนท้องถิ่น อย่างเช่นการปฐกถาพิเศษในการประชุมระดับชาติของสภาองค์กรชุมชนเมื่อเดือนมิถุนายน ๒๕๕๓ เรือง “องค์กรชุมชน จะร่วมปฏิรูปประเทศไทยได้อย่างไร”
“การปฎิรูปประเทศไทย เสมือนการวิ่งมาราธอน ต้องวิ่งกันยาวและต้องทำกันโดยทุกภาคส่วน อันเนื่องมาจากเราสะสมความอ่อนด้อยไว้เยอะ สะสมไว้นานไม่ได้รับการแก้ไขและพัฒนา จึงเกิดภาวะวิกฤติ จากสยามเมืองยิ้มกลายเป็นสยามเมืองแสยะ จากความเป็นมิตร กลายเป็นปฏิปักษ์ ประเทศไทยผ่านวิกฤติมาสามครั้งแต่เรายังรักษาบ้านเมืองไว้ได้
วิกฤติลูกที่ ๑ เราผ่านสงครามพม่า วิกฤติลูกที่ ๒ ผ่านยุคล่าอาณานิคม วิกฤติลูกที่ ๓ เราผ่านยุคสงครามผู้ก่อการการร้ายคอมมิวนิสต์ มาถึงวิกฤติลูกที่ ๔ คือช่วงภาวะจุดปัจจุบันที่อันตรายมาจากพวกเรากันเอง หรือเราฟัดกันเอง การปฏิรูปประเทศไทยมาถึงจุดที่เราต้องปฏิรูปกันทั้งประเทศ ต้องอาศัยพลังกันทุกภาคส่วน รวมทั้งองค์กรชุมชน ที่ต้องทำให้ชุมชนท้องถิ่นมีความเข้มแข็ง
กระแสการปฏิรูปมีการเรียกร้องให้ชุมชนท้องถิ่นจัดการตนเอง 
ซึ่งหมายถึงการมอบอำนาจให้กับชุมชนท้องถิ่น ทั้งเรื่องคน เงิน และงาน ที่ ผ่านมามีการกระจายอำนาจไปที่ชุมชนท้องถิ่น เช่นการเลือกตั้งผู้ว่ากทม. และการกระจายอำนาจไปที่อบจ. อบต. การมอบอำนาจที่ผ่านมายังน้อยไป ระยะนี้มีเสียงเรียกร้องให้พัฒนาฐานรากให้เข้มแข็ง ซึ่งชุมชนและองค์กรปกครองท้องถิ่นต้องจับมือกัน เพื่อเป็นเครื่องมือของชุมชนท้องถิ่น เช่น ร่วมมือกันเสนอเทศบัญญัติเพื่อแก้ปัญหาของประชาชนในท้องถิ่น ทำให้รากฐานเข้มแข็ง ฐานรากที่เข้มแข็งคือประชาชนมีสุขภาพดี สามารถเข้าถึงแหล่งทรัพยากรของรัฐ มีระบบที่เข้มแข็งป้องกันมาให้คนที่มีอำนาจ หรือมีอิทธิพลเข้าไปแย่งชิงหรือทำลายทรัพยากรของชุมชนได้ ถ้าฐานรากที่ชุมชนเข้มแข็ง ก็จะทำให้ความอ่อนด้อยของระบบราชการ ของระบบการเมืองลดลง ที่ผ่านมาระบบต่างๆอ่อนแอ นักการเมืองต้องสะสมมาเฟีย หาคนสนับสนุนเป็นพวกเป็นฐาน เป็นระบบอุปถัมภ์ ท้องถิ่นเห็นก็ทำด้วย ประชาชนเห็นก็โอนอ่อนทำไปด้วย บ้านเมืองเต็มไปด้วยการทุจริต ทำกันอย่างแพร่หลายเป็นงูกินหาง
ทุกภาคส่วนจึงต้องปฏิรูป ทั้ง ระบบการเมือง ระบบการศึกษา ระบบราชการ ภาคธุรกิจ ชุมชนท้องถิ่น และองค์กรชุมชน การปฏิรูปคือการสร้างของใหม่ที่ดี และการอนุรักษ์สิ่งที่ดี และการปฏิรูปไม่ใช่แค่การแค่การเรียกร้องให้คนอื่นทำแต่ต้อง เรียกร้องตนเอง ต้องดูที่ตัวเองสิ่งที่ไม่ดีก็ต้องยอมรับและปรับปรุง ซึ่งทุกคน ทุกองค์กร ทุกวงการ สิ่งที่เราทำได้เลยคือการปฏิรูปตัวเอง องค์กรชุมชน ก็ต้องปฏิรูปตัวเอง เริ่มจากตัวเรา ครอบครัวของเรา แล้วตามไปที่กลุ่ม เครือข่าย อย่างสภาองค์กรชุมชน มีทั้งสภาที่เข้มแข็ง ปานกลาง และกลุ่มที่ยังตั้งต้น เป็นจุดที่ต้องพัฒนาทั้งสิ้น เพราะสภาองค์กรชุมชนประกอบด้วยสมาชิกที่เป็นกลุ่ม เครือข่าย ย่อยลงไปคือตัวบุคคคล ถ้าสมาชิกหรือกลุ่มของสภาเข้มแข็ง สภาองค์กรชุมชนก็เข้มแข็งตามไปด้วย ถ้าองค์กรชุมชนหรือสภาองค์กรชุมชนยังอ่อนแอข้อเสนอของท่านก็จะไม่มี น้ำหนัก เพราะถ้าตัวของเราดีและเข้มแข็งก็จะมีคนเชื่อและทำตาม เหมือนคนดีพูดดีแล้วมีคนเชื่อ แต่คนไม่ดีพูดดีก็จะไม่มีคนเชื่อ วิธีการปฏิรูปขั้นพื้นฐานคือคือการคิดดี พูดดี ทำดี ในสิ่งที่เป็นคุณประโยชน์ ไม่เป็นโทษหรือสร้างความเสียหายแก่ชุมชนหรือส่วนรวม ในด้านการปฏิรูปสังคม ซึ่งไกลไปจากตัวเรา องค์กรของเรา ต้องอาศัยความร่วมมือของพลังสังคม พลังปัญญา และพลังอำนาจรัฐ ทั้งสามพลังมีความเป็นอิสระในการทำงานแต่เกื้อหนุนกัน เช่นพลังปัญญาที่ต้องผ่านการจัดการความรู้ที่ลึกซึ้งหรือมีงานวิจัยมารอง รับ เช่นประสบการณ์งานพัฒนาของขบวนองค์กรชุมชนต้องใช้นักวิชาการมาช่วยชุมชน เพื่อเสริมสร้างความเข้มแข็งด้านความรู้ของชุมชน ในสถานการณ์ของสังคมและประเทศที่มีความขัดแย้งอย่างรุนแรง ต้องใช้พลังของสามเส้าสันติวิธีเป็นองค์ประกอบเพื่อให้เกิดการขับเคลื่อนและ ปฏิรูปประเทศไทย คือต้องมีกระบวนการที่ดี การมีทัศนคติที่ดี และการมีสาระที่ดีหมายถึงการได้ข้อตกลงที่ดีซึ่งเป็นฉันทามติซึ่งทุกฝ่ายยอม และรับกันได้"
