ตามที่สถาบันพัฒนาองค์กรชุมชน(องค์การมหาชน) กระทรวงการพัฒนาสังคมและความมั่นคงของมนุษย์ได้รับมอบหมายให้ดำเนินโครงการแก้ไขปัญหาความเดือดร้อนด้านที่อยู่อาศัยและที่ดินทำกินโดยชุมชนท้องถิ่นเป็นหลักซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของแผนยกระดับรายได้และคุณภาพชีวิตประชาชนในระดับหมู่บ้านในพื้นที่ 5 จังหวัดชายแดนภาคใต้ตามแผนการพัฒนาพื้นที่พิเศษ 5 จังหวัดชายแดนภาคใต้ปี 2553-2555 ที่คณะรัฐมนตรีได้ให้ความเห็นชอบเมื่อวันที่ 7 เมษายน 2552 ต่อมาคณะรัฐมนตรีพัฒนาพื้นที่พิเศษ 5 จังหวัดชายแดนภาคใต้(รชต.) มีมติ เมื่อวันที่ 23 มีนาคม 2553 และวันที่ 7 เมษายน 2553 อนุมัติเงินสำรอง(เพิ่มเติม) รวมเงินงบประมาณที่สถาบันฯ ได้รับการจัดสรรสำหรับโครงการแก้ไขปัญหาความเดือดร้อนด้านที่อยู่อาศัยและที่ดินทำกินโดยชุมชนท้องถิ่นเป็นหลักปี 2553 จำนวน 1,736.41 ล้านบาท 35,210 ครัวเรือน แบ่งเป็น การแก้ไขปัญหาที่อยู่อาศัย 1,614.91 ล้านบาท จำนวน 35,210 ครัวเรือน/การแก้ไขปัญหาที่ดินทำกิน 20 ล้านบาท จาก 20 พื้นที่ งบพัฒนากระบวนการ 62.90 ล้านบาท งบค่าใช้จ่ายในการปฏิบัติงานของเจ้าหน้าที่และลูกจ้างโครงการ 10.80 ล้านบาท และงบบริหารจัดการโครงการ 27.80 ล้านบาท รวมั้งคณะกรรมการสถาบันได้แต่งตั้งคณะอนุกรรมการโครงการฯ ขึ้นมากำกับดูแลและพิจารณากลั่นกรองโครงการจากชุมชน
ปีงบประมาณ 2554 สถาบันฯ ได้รับการจัดสรรเงินงบประมาณประจำปี จากสำนักงบประมาณ วงเงิน 85.79 ล้านบาท แบ่งเป็น การแก้ไขปัญหาที่อยู่อาศัย 69.52 ล้านบาท การแก้ไขปัญหาที่ดินทำกิน 12 ล้านบาท และงบบริหารเข้ากองทุน พอช. 4.27 ล้านบาท พื้นที่เป้าหมาย 30 ตำบล แบ่งเป็นการแก้ไขปัญหาความเดือดร้อนด้านที่อยู่อาศัย 10 ตำบล 2,420 ครัวเรือน และการแก้ไขปัญหาที่ดินทำกิน 20 ตำบล
ปีงบประมาณ 2555 สถาบันฯ ได้รับการจัดสรรงบประมาณตาม พรบ. งบประมาณรายจ่ายประจำปี 2555 วงเงิน 55.294 ล้านบาท พื้นที่เป้าหมาย 23 ตำบล 1,000 ครัวเรือน ซึ่งงบประมาณดังกล่าวมีจำนวนไม่เพียงพอสำหรับการดำเนินงาน ดังนั้นการประชุมคณะกรรมการบริหารสถาบันฯ ครั้งที่ 1/2555 เมื่อวันที่ 26 มกราคม 2555 คณะกรรมการบริหารสถาบันฯ ได้พิจารณาเห็นชอบปรับโอนงบประมาณโครงการพัฒนาชุมชนเข้มแข็งเพื่อเสริมสร้างสันติสุข 3 จังหวัดชายแดนใต้ จำนวน 156.813 ล้านบาท มาใช้ในการดำเนินงานตามโครงการแก้ไขปัญหาความเดือดร้อนด้านี่อยู่อาศัยและที่ดินทำกินโดยชุมชนท้องถิ่นฯ ทั้งนี้เพื่อให้สามารถดำเนินการครอบคลุมพื้นที่เป้าหมายตำบล 24 ตำบลแบ่งเป็น การแก้ไขปัญหาที่อยู่อาศัย 21 ตำบล 1,000 ครัวเรือน(สร้างบ้าน 800 ครัวเรือน/ซ่อมแซม-ต่อเติม 200 ครัวเรือน) การแก้ไขปัญหาที่ดินทำกิน 3 ตำบลโดยมีงบประมาณในการดำเนินงานทั้งสิ้น 212.107 ล้านบาท แบ่งเป็นการแก้ไขปัญหาที่อยู่อาศัย 178.20 ล้านบาท การแก้ไขปัญหาที่ดินทำกิน 3 ล้านบาท งบพัฒนากระบวนการ 4.992 ล้านบาท, งบติดตาม/รายงาน/ประเมินผล 3 ล้านบาท, งบค่าใช้จ่ายบุคลากรในการดำเนินงานตามโครงการฯ 6.195 ล้านบาท, งบสนับสนุนการดำเนินงานและการประชุมของคณะอนุกรรมการฯ 2 ล้านบาท, งบพัฒนากระบวนการที่เป็นการต่อยอดจากโครงการฯ 3.80 ล้านบาท, งบประชาสัมพันธ์ งานมหกรรม สัมมนา 3.5 ล้านบาท, งบบริหารจัดการตัดเข้ากองทุนพอช. 7.42 ล้านบาท มีรายงานความก้าวหน้าดังนี้
