ภายหลังจากที่มีข่าวการยุบเลิกองค์การมหาชน ซึ่งสถาบันบริหารจัดการธนาคารที่ดิน (องค์การมหาชน ) เป็นหนึ่งใน 39 องค์กร ที่สำนักงานคณะกรรมการพัฒนาระบบราชการ หรือ กพร. มีมติเห็นชอบให้ยุบเลิก ภายใน 9 มิถุนายน 2559นี้
แต่ต่อมา ครม.มีมติ เมื่อวันที่ 10 พฤศจิกายน 2558 ให้ กพร.กลับไปทบทวนและพิจารณาการขยายระยะเวลาการดำเนินงานของสถาบันบริหารจัดการธนาคารที่ดินจากเดิมห้าปีเป็นสิบปี ตามข้อเสนอของ พลเอกประวิตร วงษ์สุวรรณ รองนายกรัฐมนตรี
กพร.ได้ส่งเรื่องให้ส่วนราชการ และหน่วยงานที่เกี่ยวข้องร่วมพิจาณาให้ความเห็นประกอบการตัดสินใจ ซึ่งกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมได้ให้ความเห็นว่า “ ปัจจุบันมีสถาบันการเงินที่มีวัตถุประสงค์เพื่อพัฒนาชนบท ให้ความช่วยเหลือทางด้านการเงิน หรือการบริหารจัดการแก่บุคคล กลุ่มบุคคล ผู้ประกอบการ กองทุนหมู่บ้าน หรือชุมชนรวมทั้งองค์กรที่มีวัตถุประสงค์ในการสนับสนุนการประกอบอาชีพของเกษตรกร หรือสหกรณ์การเกษตรสำหรับการประกอบอาชีพหรืออาชีพที่เกี่ยวเนื่องกับเกษตรกรไว้อยู่แล้ว ดังนั้นจึงเห็นควรใช้กลไกของสถาบันการเงินที่ให้สินเชื่อกับเกษตรกรที่มีอยู่ เช่น ธกส. หรือ ธนาคารออมสิน เป็นต้น”
จากความเห็นดังกล่าว สหพันธ์เกษตรกรภาคเหนือ หรือ สกน. มีความเห็นว่า “การจัดตั้งสถาบันบริหารจัดการธนาคารที่ดิน (องค์การมหาชน) เกิดจากรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พุทธศักราช 2550 ที่กำหนดให้รัฐต้องดำเนินการตามแนวนโยบายด้านที่ดิน ขับเคลื่อนการดำเนินงานในการแก้ไขปัญหาความยากจนในด้านที่ดินทำกินของราษฎรเป็นนโยบายสำคัญ และมีวัตถุประสงค์ชัดเจนที่จะมุ่งเน้นให้เกิดการกระจายการถือครองที่ดินอย่างเป็นธรรม ดำเนินการให้เกษตรกรมีกรรมสิทธิ์หรือสิทธิในที่ดินเพื่อประกอบการเกษตรกรรมอย่างทั่วถึง รวมทั้งเกิดการใช้ประโยชน์ในที่ดินอย่างเหมาะสมและสนับสนุนทางการเงินแก่การจัดที่ดินและการปฏิรูปที่ดินเพื่อเกษตรกรรม โดยไม่แสวงหาผลกำไร เพื่อแก้ไขปัญหาความเดือดร้อนของประชาชนซึ่งเป็นปัญหาที่จะต้องได้รับการแก้ไขโดยเร่งด่วน และให้ทันต่อความต้องการของประชาชน จึงมีการจัดตั้งสถาบันบริหารจัดการธนาคารที่ดินในรูปแบบองค์การมหาชนขึ้น โดยพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งสถาบันบริหารจัดการธนาคารที่ดิน (องค์การมหาชน) พ.ศ.2554 โดยอาศัยอำนาจแห่งพระราชบัญญัติองค์การมหาชน พ.ศ.2542 ซึ่งเป็นกฎหมายพิเศษที่มีวัตถุประสงค์โดยเฉพาะเนื่องจากรัฐบาลมีแผนงานหรือนโยบายโดยเฉพาะเพื่อจัดทำบริการสื่อสาธารณะ และมีความเหมาะสมที่จะจัดตั้งหน่วยงานบริหารขึ้นใหม่ให้แตกต่างจากส่วนราชการหรือรัฐวิสาหกิจ โดยมีความมุ่งหมายให้มีการใช้ประโยชน์ทรัพยากรและบุคคลากรให้เกิดประสิทธิภาพสูงสุด ทั้งนี้ เพื่อความรวดเร็วในการดำเนินงาน ซึ่งต้องอาศัยความเร่งด่วน พระราชกฤษฎีกาดังกล่าวมีเจตนารมณ์เพื่อแก้ไขปัญหาการขาดแคลนที่ดินทำกิน และการไม่สามารถเข้าถึงที่ดินของเกษตรกรรายย่อยและผู้ยากจน ปัญหาการกระจุกตัวของการถือครองที่ดิน รวมถึงปัญหาการเก็งกำไรในที่ดิน อันเป็นต้นเหตุทำให้ที่ดินถูกทิ้งร้างว่างเปล่าไม่ใช้ประโยชน์ หรือใช้ประโยชน์ได้ไม่เต็มที่ และสูญเสียพื้นที่ที่เหมาะสมสำหรับการทำเกษตรกรรมซึ่งสภาพปัญหาดังกล่าวยังส่งผลต่อการอนุรักษ์ทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมอีกด้วย
นอกจากนี้การดำเนินงานของสถาบันบริหารจัดการธนาคารที่ดินยังสอดคล้องกับนโยบายของรัฐบาลดังปรากฏในคำแถลงนโยบายต่อสภานิติบัญญัติแห่งชาติ เมื่อวันที่ 12 กันยายน 2557 ข้อที่ 9.3 ว่า “ปรับปรุงกลการบริหารจัดการที่ดินของรัฐและเอกชนให้มีเอกภาพเพื่อทำหน้าที่กำหนดนโยบายด้านที่ดินในภาพรวม และปรับปรุงกลไกภาษีเพื่อกระจายการถือครองที่ดิน เร่งรัดการจัดสรรที่ดินให้แก่ผู้ยากไร้ โดยไม่ต้องเป็นกรรมสิทธิ์ แต่รับรองสิทธิร่วมในการจัดการที่ดินของชุมชน กำหนดรูปแบบที่เหาะสมของธนาคารที่ดิน เพื่อให้เป็นกลไกในการนำทรัพยากรที่ดินมาใช้ให้เกิดประโยชน์สูงสุด”
สกน.เห็นว่าที่ผ่านมาปัญหาหนี้สินเกษตรกรนำไปสู่ปัญหาที่ดินหลุดมือจากเกษตรกร ซึ่งส่วนหนึ่งเกิดจากสถาบันทางการเงินของรัฐ ดังนั้นเพื่อไม่ให้เกิดผลกระทบต่อชุมชนที่รอคอยการแก้ไขปัญหาที่ดินจากรัฐบาล จึงสมควรที่ต้องมีสถาบันบริหารจัดการธนาคารที่ดินขึ้นมา
โดยเมื่อวันที่ 9 ธันวาคม 2558 สกน. ได้เดินทางไปยื่นหนังสือถึงรัฐมนตรีว่าการกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม นอกจากข้อเสนอให้ทบทวนความเห็นต่อการขยายระยะเวลาการดำเนินงานของสถาบันบริหารจัดการที่ดินแล้ว สกน.ก็ยังมี ข้อเรียกร้องให้กระทรวงทรัพย์ชะลอการประกาศเขตอุทยานแห่งชาติเพิ่มเติม ตามที่ได้มีการแถลงข่าวว่าจะมีแผนการประกาศอุทยานฯอีก จำนวน 21 แห่ง โดย สกน.ขอให้กระทรวงทรัพย์เปิดโอกาสให้ชุมชนเข้าไปมีส่วนร่วมของในการกันเขตพื้นที่ออกก่อนการประกาศ โดยการแต่งตั้งคณะทำงานและมีองค์ประกอบของผู้แทนชุมชนและเจ้าหน้าที่ เพื่อตรวจสอบแนวเขตอุทยานฯร่วมกัน
